Login • Lupa Password | Daftar segera dan nikmati pemasangan iklan baris secara gratis! |
Medanbisnisdaily.com-Jakarta. Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) berhasil mengurutkan sekuens genom utuh atau whole genome sequencing (WGS) dari dua sampel Virus SARS-CoV-2 atau yang dikenal dengan virus Corona. Ini merupakan WGS pertama di Indonesia yang menggunakan teknologi Oxford Nanopore.
Hasil sekuens telah diajukan oleh LIPI pada Selasa, 25 Agustus lalu di Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID), sebuah lembaga bank data yang saat ini menjadi acuan untuk data genom virus Corona.
"Semua makhluk hidup, termasuk virus penyebab COVID-19, memiliki kode genetik sendiri berupa deoxyribonucleic Acid (DNA) atau ribonucleic acid (RNA). Rangkaian DNA atau RNA menyusun suatu kode genetik yang secara keseluruhan membentuk sebuah genom. Pengurutan rangkaian DNA atau RNA tersebut menjadi gambar genom yang utuh dapat dilakukan melalui Whole Genome Sequencing," ujar anggota tim riset WGS dari Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI Anggia Prasetyoputri dalam keterangan tertulis dari LIPI, Sabtu (29/8/2020).
Anggia menjelaskan, virus Corona merupakan virus yang memiliki materi genetik sehingga memiliki kemungkinan untuk mengalami perubahan atau mampu bermutasi dengan cepat.
"Dari hasil WGS beberapa sampel virus yang ada di Indonesia, telah ditemukan adanya mutasi pada 12 sekuens SARS-CoV-2 yang telah diunggah di GISAID berupa mutasi yang terjadi pada nukleotida sehingga menyebabkan perubahan pada asam amino yang disandinya," ujar Anggia.
Sampai saat ini belum diketahui apakah mutasi yang terjadi akan berpengaruh pada tingkat infeksi virus terhadap manusia ataupun adanya perubahan gejala yang timbul setelah terinfeksi COVID-19.
Pengetahuan awal mengenai kode genetik virus ini akan memberikan informasi lebih lanjut tentang bagaimana cara menangani virus tersebut, termasuk juga untuk pengembangan vaksin yang lebih sesuai untuk masyarakat Indonesia," kata Anggia.
Tentang Teknologi Oxford Nanopore
Oxford Nanopore menggunakan prinsip kerja lubang berskala nano. Perangkat Oxford Nanopore melewatkan arus ionik melalui pori-pori nano dan mengukur perubahan arus saat molekul biologis melewati pori-pori tersebut.
Informasi tentang perubahan arus dapat digunakan untuk mengidentifikasi molekul. Jika untai DNA dilewatkan melalui nanopore, terjadi perubahan arus saat basa G, A, T dan C melewati pori dalam kombinasi yang berbeda.
Pengukuran arus tersebut menjadi dasar penentuan urutan basa dalam suatu sekuen. Tentu saja diperlukan pengolahan data secara bertahap sehingga dapat diperoleh urutan genom lengkap dari suatu organisme.
Platform Oxford Nanopore ini memiliki banyak keunggulan, antara lain waktu pengerjaan cepat dan fleksibel, instrumen bersifat portabel dan berukuran mini serta harga instrumen rendah.
Namun, penggunaan platform ini masih sangat terbatas. Salah satu faktor pembatasnya adalah kurangnya sumber daya manusia yang terampil dalam menggunakan teknologi tersebut.(dtc)